GMOdega seotud õigusküsimused puudutavad hetkel eelkõige lubade andmist GMOde kasutamiseks ja kasvatamiseks (sh avalikkuse võimalusi lubade väljaandmist mõjutada) ning seda, kuidas on reguleeritud GMOde käitlemine pärast seda, kui neid loa alusel juba kasutatakse või kasvatatakse (GMO-toodete märgistamine, vastutus võimaliku kahju eest jne).

Õigusküsimustes on suur roll Euroopa Liidu (EL) seadusandlusel, kuna Eesti peab EL liikmena aktsepteerima kõiki EL-s välja antud GMOde kasutamise ja kasvatamise lube ja lähtuma ka oma seadusandluse kehtestamisel EL õigusaktidest. Seetõttu on oluline tunda nii EL seadusandlust kui ka selle rakendamise praktikat teistes liikmesriikides.